一、相关法规。日本主要依据《外汇和对外贸易法》《进出口交易法》《出口贸易管制令》《进口贸易管制令》等法律法规对进出口货物实行许可管理。

二、进口许可。根据《进口贸易管制令》须获进口许可的商品有海产品、消耗臭氧层物资、野生动植物、钻石、外国文物、汞及含汞制品等20个大类货物，以及来自利比亚、朝鲜、叙利亚、伊拉克、索马里的全部或特定货物等，许可证有效期通常为6个月；

三、出口许可。一般情况下，属于《出口贸易管制令》或《外汇管制令》范围内的每批出口货物都需要一份单独的出口许可证。《出口贸易管制令》规定了需要经日本经济产业省批准的货物及其目的地。个别情况下，还需要事先获得农业、林业和渔业部的批准，或必须根据其他法律/法规获得许可。为获得出口许可证，出口商必须填报相关的申请表格和证明文件，包括最终用户、最终用途证明，并向经济产业省提出申请。对于两用物品，许可证的批准取决于经济产业省基于目的地和最终用户的风险评估。

四、实施机构。经济产业省负责受理进出口许可的申请，签发进出口许可证。

五、数字化措施。日本于2015年向世贸组织交存了其接受《贸易便利化协定》(TFA)的文书。企业可通过日本的单一电子窗口“日本自动化货物和港口综合系统(NACCS)”，与海关和其他有关机构进行程序化的在线处理。2018年，近99%的进出口报关单通过该系统办理。但目前没有考虑强制通过NACCS提交海关申报。